داستان Covert One: The Hades Factor از آن جایی آغاز میشود که گروهی از متخصصان پزشکی، تصمیم میگیرد که با یک حملهی تروریسیتی - زیستی، مقابله نماید. تعداد زیادی از اهالی ایالات متحده به یک ویروس کشنده و ناشناخته مبتلا شده اند و تنها امید باقی مانده، این متخصصان هستند. اتفاقات بسیاری رخ میدهد و آنها متوجه میشوند که ....